San Martín de Porres organiza su propuesta institucional a partir de un modelo de programas especializados diseñado para responder a las diferentes necesidades que pueden presentarse a lo largo del desarrollo de una persona con autismo. La estructura institucional parte de un criterio organizacional definido por tres variables:

Etapa de vida en la que se encuentra
Primera infancia, niñez, adolescencia, juventud o adultez.

La necesidad de apoyo que requiere
Para participar, aprender, comunicarse, regularse y desarrollar actividades cotidianas.

El propósito evolutivo de cada etapa
Desarrollo del juego, bases del aprendizaje, acceso académico, socialización, autonomía, transición adulta, ocupación, vida en el hogar y participación comunitaria.

Este enfoque permite diseñar intervenciones ajustadas a las características individuales, evitando trayectorias uniformes y favoreciendo propuestas acordes con los objetivos evolutivos, comunicativos, adaptativos, académicos, ocupacionales y funcionales de cada niño, niña, adolescente, joven o adulto con TEA.

El modelo reconoce que personas de edades similares pueden requerir apoyos sustancialmente diferentes, así como objetivos de intervención diversos. Por este motivo, los programas se diferencian, pero se articulan entre sí, permitiendo acompañar distintos recorridos evolutivos.